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假如附睾不幸感染了致病微生物，发生炎症，令管腔充血水肿，其养育精子的能力自然降低，甚至处于怠工状态。附睾分泌的各种营养精子的物质均会明显减少，使精子应在附睾获得的各种能力明显减弱，终极导致排出中不能活动的精子或死精子比率明显增高。即使是能活动的精子，其活动能力也很弱，从而引发弱精子症或死精子症。
降低精子的活动能力
附睾被病原体感染后，有的病原体(如大肠杆菌)可直接对附睾管中的精子造成损害，抑制精子的活动度或使精子发生凝集，以降低其活动能力;有的病原体(如支原体、衣原体)吸附在精子表面，使其活动力降低甚至丧失。病原体产生的毒素也会鸩杀生性脆弱的精子，使其死亡率大大增加。，白细胞、巨细胞等机体卫士在消灭病原体时，也可能不分好歹，误杀或误伤精子。炎症反应产生的大量代谢产物，也会毒害精子，或改变精子的生存环境，使精子活动力下降、死精子增多，造成畸形精子率上升，精子数目减少等。
切断精子的行走通道
附睾炎假如是由淋球菌、结核杆菌、支原体、衣原体等病原体感染引起的，不仅会发生炎症反应而损害精子，而且极易引起附睾管腔的缩小或堵塞，导致附睾尾部与输精管连接处不完全性或完全性阻塞。这是一种难以逆转的附睾炎后遗症，精子被切断在附睾管内出不往，只能慢慢困死或任由宰杀，从而造成阻塞性少精症或无精子症。
困住精子
附睾炎还是导致男子体内形成抗精子抗体的重要原因。当附睾发生炎症时，身体的自卫系统就会立即行动，白细胞、淋巴细胞等免疫细胞和体液免疫物质进进发炎的附睾管内，对病原体产生清除反应，形成医学上所说的免疫反应，产生免疫细胞，免疫细胞对机体自身组织的识别能力明显下降，直接与精子表面或精浆中的抗原物质发生免疫反应，形成抗精子抗体。
抗精子抗体形成后，混在中，紧追精子不放，或将精子团团围住，或干脆牢牢吸附在精子表面，使精子无处躲躲。这样一来，精子的活动能力显着下降，或数个、数十个地凝集成团，影响精子的前向运动。，抗体也可进进血液循环，对生殖器官的功能产生更大范围的不良影响。若抗精子抗体产生的免疫反应作用于睾丸组织，则能形成特殊的破坏作用，使睾丸的生精功能发生异常，出现生精障碍性无精子症。